Da tidene med hedenskap gikk over, da kristendommen sluttet å bli forfulgt og ble anerkjent som en verdensreligion, ser det ut til at alle forskjeller burde løses. Men noen ganger var det bare økumeniske råd som kunne løse nye konflikter, tilbakevise kjetterske læresetninger - det var ingen fred selv innenfor Kirken.
Det første økumeniske rådet var rådet i Nikea, sammenk alt i 325. Årsaken til dette var den utbredte læren til den aleksandrinske presbyteren Arius. Dens essens var å fornekte identiteten mellom Gud Faderen og Gud Sønnen. Han hevdet at Jesus Kristus ble skapt av Herren, men ikke er hans inkarnasjon. En slik idé tilbakeviste fundament alt alle kristendommens dogmer, og derfor ble Arius lære i utgangspunktet avvist av lokalrådet. Den stolte presten nektet imidlertid å anerkjenne rådets beslutning som legitim og fortsatte å vinne over de troende.
Så inviterte keiser Konstantin biskoper fra hele verden til det økumeniske råd i den lille byen Nikea (nå k alt Iznik og ligger på det moderne Tyrkias territorium). Noen av de tilstedeværende representantene for kirken bar spor av tortur på kroppen,mottatt i den sanne kristendommens navn. Biskoper som støtter Arius var også til stede.
Debatten varte i mer enn to måneder. I løpet av denne tiden var det mange diskusjoner, taler av filosofer, avklaringer av teologiske formuleringer. Som legenden forteller, satte manifestasjonen av et guddommelig mirakel slutt på kranglingen. Som en enhet av tre prinsipper ga han et eksempel på en leireskår: vann, ild, leire gir en enkelt helhet. På samme måte er den hellige treenighet i hovedsak én Gud. Etter talen hans dukket det opp ild fra skjæret, vann dukket opp og leire ble dannet. Etter et slikt mirakel avviste til slutt det nikanske rådet Arius falske lære, ekskommuniserte ham fra kirken, godkjente trosbekjennelsen og etablerte 20 regler for kirkelig disiplin, bestemte datoen for feiringen av påsken.
Men dette Kirkerådet har ikke satt en stopper for denne saken. Kontroversen fortsatte i veldig lang tid. Selv nå høres deres ekko fortsatt - arianismen dannet grunnlaget for Jehovas vitners lære.
I tillegg til konsilet i 325, var det også det andre konsilet i Nicaea, sammenk alt av keiserinne Irene av Konstantinopel i 787. Dens formål var å avskaffe ikonoklasmen som eksisterte på den tiden. Faktisk gjorde keiserinnen to forsøk på å innkalle et økumenisk råd. Men i 786 brøt vaktene som støttet ikonoklastene inn i Temple of the Holy Apostles i Konstantinopel, hvor rådet begynte arbeidet. De hellige fedre måtte spre seg.
Etter å ha brukt betydelige triks, oppløst den gamle garde, rekruttert nye tropper, sammenk alte Irina likevel katedralen i787, men flyttet den fra Konstantinopel til Nikea. Arbeidet hans varte i en måned, etter resultatene ble æren for ikoner gjenopprettet, de ble tillatt i kirker.
Men selv dette rådet i Nicaea klarte ikke å nå målet fullt ut. Ikonoklasme fortsatte å eksistere. Ikonoklastbevegelsen ble endelig beseiret først i 843, ved konsilet i Konstantinopel.